债券协议回购是指交易双方自主谈判和协商议定，资金融入方(以下简称“正回购方”)在将债券进行质押登记并向资金融出方(以下简称“逆回购方”)融入资金的同时，双方约定在未来某一日期由正回购方向逆回购方返还本金，并按约定回购利率支付资金利息，同时解除债券质押登记的交易。
功能主要有可初始融入交易，初始融出交易，购回交易，质押券查询和合约查询。